ROACH 要不要直接說出你的需求呢？
或許有比用 replace 更好的 solution 
我修改了之後如下：
Sorry 我只會用 jQuery的方法。
jQuery.js 你可以下載回本機端，有機會可以找一下這方面資料，很好用的！
順便說明一下我改的方法，
是將加入的資料用一個Tag <span> 包住，並給予 id，
當要移除的時候，就用$('#'+id) 取得該物件，執行remove()函數就可以移除了。
<script src="http://jqueryjs.googlecode.com/files/jquery-1.3.2.js"></script>
<Script>
function rep(x,y)
{
//==傳進來後假如帶55會變成 55<input type='text' name='n55' size='5'>
xx = "<span id='n"+x+"'>" +x+"<input type='text' name='n"+x+"' size='5'></span>";
if ( y ) //true代表有點就把字串加進去
document.all.addprod2.innerHTML += xx;
else
{
//==勾勾拿掉的要刪除之前加進去的字串
//tt = document.all.addprod2.innerHTML;
//document.all.addprod2.innerHTML = tt.replace(xx,"");
$('#n'+x).remove();
}
}
</Script>
<input type=checkbox value='55' name=confcok onclick='rep(this.value,this.checked)'>
<input type=checkbox value='44' name=confcok onclick='rep(this.value,this.checked)'>
您勾選的項目是<div id=addprod2></div>
